ご質問ありがとうございます。

状況がイメージできすぎて、
とても大変な日々なのだろうと想像します🥲
まずは日々、おつかれさまです。

会話でのやり取りがまだ難しそうなので、環境設定で対応するのが現実的かと思います。
また、「問題行動を０にする」を目標にすると難しすぎるので、「０に１歩ずつ近づけていく」くらいの気持ちで、少しずつ対応いただけたら良いかと思います。

実際に見ていないお子さんなので見当違いだったら申し訳ないのですが、いくつか思いつく環境設定をシェアします。

視点：問題行動を起こしにくい環境にする
▶︎トイレットペーパーを丸々置かずに１回分だけ渡す。トイレの中になるべく何も置かない。

視点：ひたすら「だめ！」ではなくて「これならいいよ」を作る
▶︎「この場所（この時間）なら思い切り遊んでいい」を作り、問題行動を限られた条件の中だけにする。トイレの狭い個室が楽しいのであれば、柵でも押入れでも似た環境を作ったりしてもハマるかもしれません。

視点：「トイレで用が済んだら出る」を増やすことで問題行動を相対的に減らしていく
▶︎トイレに篭らずに出て来れたら、お子さんにとって嬉しいことがすぐに起きるようにします。
よくある「褒める」「シールを貯める」以外にも、お子さんが喜ぶスキンシップや、敵を倒せる武器（折り紙とかイラスト）がもらえる！など、お子さんが嬉しい気持ちになればなんでもありです。
分かりやすいものを、すぐに提示できると効果的です。

視点：お子さんの空想の世界に入り込む
▶︎「敵をやっつけるための秘策を思いついたから一緒に作ろう！」誘い出したり、「敵がトイレに向かってるぞ！急げ！」と誘い出したり、タイマーがなるまでにトイレから出ないと爆発する設定にしてみたり、お子さんの空想の世界に入り込んでトイレからつい出たくなっちゃうように誘導するのも、お子さんによっては効果的です。
親子で毎日となるとしんどいと思いますが、パターンができたら自然と出てくるようになると思います。

視点：怒鳴るよりも正しい行動を分かりやすく視覚的に伝える
▶︎イラストを描くなどして視覚補助を作ります。（便のついたティッシュを散らかすイラストに✖️、ティッシュを捨てるイラストに⭕️など）
自分でその視覚補助に気づいて理解して行動を変えるのは難しいかもしれませんが、見せる＋声かけだけで正しい行動を伝えられるので、怒鳴る回数は減らせるかもしれません。

長くなってしまい申し訳ありません。
話が通じない時期、絶対しんどいと思います🥲

お母様自身のお身体も大切にしつつ、許容できるところは許容して、少しでも穏やかな時間が増えることを願っています🌿