息子さんは今やりとりの試行錯誤中なのですね。伝えたい、わかって欲しいという気持ちが育っているからこそ今回の悩み事があるのだと思います。相手が助けてくれる存在であると感じられるように十分寄り添って関わってこられたことがわかります。明るい将来にしっかり足が向いていますよ！
相談内容から、一見こちらの言うことがわかっているようでも全てを十分に理解することができていないのではと思います。軽度の知的な遅れということなので、今の息子さんが無理なく理解できることは大体2歳程度（年齢の5〜6割）の内容なのだと思います。具体的には大体2〜3語文程度のよく知っている単語の組み合わせであれば言葉での関わりが通じているような状態です。それよりも長文で様々な単語が混ざった文は部分的にしか伝わっていないかもしれません。
例えば「ちょっと待ってね今ごはん作ってるからすぐできないの」のような文の場合、（そもそも何をしているのかが見えていなかったり興味が薄くて認識していなかったりしている+して欲しいことで頭がいっぱいの状態で）「○¥待って$%ごはん÷&できない」という受け取り方になっている可能性があります。そうなると、状況理解不十分+できないの言葉=何で！わからん！…となってしまうわけですね。今できることは、「あっち行くの？」などの簡単な言葉をかけて反応を見ながら大急ぎで今していることに目処をつけ、「あける？…ちがうのね」と状況を簡単に言語化しながら正解を探していく経験値を積むことかなと思います。成長と共に要求が複雑化している上に、こちらの言葉での提案が正しく伝わっておらず、本当は合っているのに拒否したり怒ったりしていることもあるかもしれません。言葉のみでのやりとりが上手でない間は目で見てわかるヒントの存在も重要です。
この相談を受けて私が療育で取り入れるならば、身近な（好きな）物の名前や簡単な動詞を視覚的なヒント（実物や画像、ジェスチャー）と一緒に伝えることを繰り返し、正しく受け取れる言葉を増やすことを目指します。場合によりPECSなどの方法を使うことも考えられます。「あけて」「てつだって」などのキーワードも遊びながら練習していきます。即時解決に繋がるわけではありませんが、素地の力を伸ばしてあげられるとお互い「これか！」ということが多くなると思いますので、経験を増やしていきましょう^^