病院では小児自慰の可能性と言われたのですね。
私は保育士経験あるのですが、すみははさんの子どもさんとは少し違う症状ですが、寝そべった状態で体全身に力を入れて、小児自慰をしている子どももいました。珍しいことではないようで、そういったことがクセになっていたり、年齢が上がっていく中で自然になくなったりするようです！

すみははさんの子どもさんは就寝中もそれがあるとのことで、睡眠中に力が入る原因として入眠時ミオクローヌスや睡眠時随伴症などもあったりするようです。睡眠の浅い段階で起こる生理的な現象や、ストレスなどで起こったりするようです。
今年の夏はとても暑くて、日中もしんどいですし、夜もねぐるしいですよね。
我が家も夏の夜に寝苦しさを感じる場合は、エアコンの冷房やドライを活用して寝室の環境を室温26度以下、湿度50～60%に整えるようにしています！
また夜はテレビなど光を避けたり、ぬるめのお風呂に入ったり、静かな音楽を聴たり、好きな本を読むなど寝る前にリラックスできるルーティーンを作るのもいいそうです！日中はなるべく明るい光を浴び、夜は部屋を暗くすることで、体内時計も整いやすいようです。

おはようございます
うちは抱っこしているときに親の腕に爪が食い込むほど握って、口に指を入れながら呼吸が粗くなり、表情はもちろん全身の筋肉がこわばります
自慰といわれたことはないのでたぶん違う症状なんでしょうが、全身に力が入るというところでいっしょかなと思って回答しました
うちの場合これは夕方多いですが興奮している場面で起こります
心理士さん曰く、神経の伝達がうまくいかなくてどこかにフォーカスしすぎているからこわばりが起こっているとのこと、成長によって止まってくる可能性はあるといわれていました
実際3歳までは本当にひどくて大変でしたがもうすぐ6歳の今は少しずつ減ってきています

お子さんの意思に関係なく体が動いているのだとしたらたぶん何を言ってもだめかと
ただうちは抱っこしているときになっていたので表情が読み取れないこわばった顔の子供の目をじっと見つめながら楽しいねというとちょっとだけ時間が短くなることはありました（実際は呼吸が止まらないか心配で見ていたんですが（笑））
あとは、保育園の発案で握る力が強いなら雲梯など握力を使った遊びを覚えさせたらいいのではとのことで保育園でいろいろ手をかけて下さり、今は家でも2段ベッドの縁に手をかけてぶら下がって握力を自分なりに消費しているようです

そのためもし意識があって何か手などを動かしているのであれば目を見てあげて何なら手をにぎってとめてあげる、ほかのことをさせてみるというのも手なのかなとは思います
トイレとかに隠れられても大変だし、下手に止めるより保育園にも相談してほかの行動を促しているうちにだんだんやめていくのを待つ感じでいいのではと思いました

参考になれば幸いです