こんにちは!
我が家のことかと思ってしまうほど状況がにていました・・・
うちも長男が自閉症で、弟がいて、夫が無理解で不登校への理解もありませんでした。
まず、今1番辛い時期かもしれません。
うちも小学校3〜5年が1番辛かったです。
それは、本人が不登校への劣等感が強かったり（これは親を含め周囲の不登校を容認するかどうかで変わりますが）、自分の気持ちをコントロールするのがまだ下手だったりで、葛藤や自己嫌悪、混乱が強く出ている年頃だと思うのです。
我が家でやったことが参考になれば幸いです。
うちでは、まず不登校や自閉症の勉強をしてまず親の理解を深めました（夫は頑なに拒みましたが💦）。ペアレントトレーニングで検索すると情報が出てくるかもしれません。ほかにはLITALICOという企業のHPが参考情報がたくさんあります。それで、子どもがどう思っているのか、なぜそんな行動をするのかを理解しました。
自閉症の心は、本当に勉強しないとわかりません・・・
それとともに無理に登校しなくてもいいという雰囲気を作り、とにかく毎日楽しむようにしました。プレッシャーが減れば、困った行動も減ります。
子どもが弟をいじめ始めたときは、弟を連れて30分程度家出しました。その間に本人が落ち着きを取り戻します。
そうして、6年生になる頃には、本人の心のコントロールが上達したこともあって、だいぶ落ち着きました。
今うちのこ中学生ですが、ゆるい私立中を選んだことも功を奏し毎日楽しく登校しています。
少しでも参考になって、はるママさんの心が軽くなればいいのですが☺

毎日大変ご苦労さまです。
私も同じ感じでしたよー。上の子が抱きついてきたり甘えてきたりすると、引き離したくなるというか、くっつかないで！甘えないで！って思っちゃったり。でも、後々、なんであの時ぎゅってしてあげられなかったんだろう、なんで優しい言葉をかけてあげられなかったんだろうってつい考えちゃってます。もはや上の子が生まれてからずっと、上の子のことを可愛いと思えずに子育てしてたような感覚にまでなってて。ダメな母親だなって毎日のように思ってました。でも、自分も人間ですから子どもにだって人との距離感ってのも分かってもらいたいし、自分が触られたくないなら触られるのが苦手だと伝えて良いのではないかなって思います。ハグするとか手を繋ぐとか、どの程度なら良いのか伝えるってのも大切なのかなって。また、上の子の対応で後々後悔されるってことは、「悲しい」「寂しい」想いをさせたかも・・・って子どもの気持ちを想像するから後悔の感情が湧くのであって、すでにそれは上の子のことも愛せてる証拠だと思います。本当に上の子のことを想ってなかったら、後悔すら感じないはずですから。今は下のお子さんのことで心身共に疲れている時期で、そんな時に優しくなれないのは当たり前だと思います。後悔された分だけ、上の子にも優しくなれる時期が絶対くるので、せめて今は、後ででも良いので「怒り過ぎてごめんね」くらいの言葉かけをしてあげられてれば良いのかなと思います。