トイレが怖いという感覚はなんとなく私も子供の頃そうだったので、息子さんに共感するところがあります。(吸い込まれそうで…)
こえさんの息子さんは音が怖いとのことで、イヤマフはどうかな？と思いました。
息子(10歳)は感覚の過敏さがあり、たとえばエレベーターの機械音が苦手で乗るときだけ、4歳頃から使用しています。先生にもお願いして、園のロッカーに置いておく用と、自宅用に2つ購入し持ち歩いてました。今も花火や歯医者さんなど苦手な音の時に使っています。

出来ていたのに急にできなくなると心配になりますよね💦
因みに音入れはウオシュレットですか？
我が家も自動トイレが無理で、、、
起動音や勝手流れるトイレなどは頑なに怖がって座りませんでした。
なので、家や外出先でも電源から抜いて（抜いた後はちゃんと戻してましたが、、公共のものを勝手に良くないと思いつつ😭））「もう電源抜いたから勝手に動かないし音もしないよ！」と見せてから座らせることを何度かやって慣れてくるのをまちました！