トイレの流し忘れ、嗅覚が敏感な息子さんにとってとてもつらい経験をされましたね。えずくほどはしんどいですね。名案は回答ができていないかもしれませんが、少しでもお力になりたい思い回答させてもらいました🙇‍♂️

トイレの窓があれば全開にする、換気扇をつける、苦手な匂いがない且つ臭い消しが強力な消臭剤や芳香剤を使用する、好きな匂いをつけたハンカチやタオルを持って鼻と口を塞いで入る、好きな匂いを事前にトイレにかけてあげてあぜる。
保育園では職員用の洋式トイレや個室などはないでしょうか？子供用のトイレの方が臭いますし、流し忘れの可能性もあるとおもいます。職員用や来客用などの個室トイレがあれば、事情を先生に話してしばらくそこを使わせてもらうともいいかもしれません。また、マスクを付けれるようならマスクも効果的かもしれません。マスクの重ね付けしたり、中にガーゼが入っている分厚いもの、活性炭入りのマスクを使用したり、触覚過敏や嗅覚過敏の方が着用している「プロテクションマスク」というものもあるそうなのでそういったものだと尚効果あると思います。
成長とともに落ち着いては来ると思いますが、トイレを我慢すると膀胱炎なども心配ですよね。
病院の先生や専門の方に相談してアドバイスをもらってみるのもいいかもしれませんね！いい方向に進むことを願っています。