トイレの流し忘れ、嗅覚が敏感な息子さんにとってとてもつらい経験をされましたね。えずくほどはしんどいですね。名案は回答ができていないかもしれませんが、少しでもお力になりたい思い回答させてもらいました🙇‍♂️

トイレの窓があれば全開にする、換気扇をつける、苦手な匂いがない且つ臭い消しが強力な消臭剤や芳香剤を使用する、好きな匂いをつけたハンカチやタオルを持って鼻と口を塞いで入る、好きな匂いを事前にトイレにかけてあげてあぜる。
保育園では職員用の洋式トイレや個室などはないでしょうか？子供用のトイレの方が臭いますし、流し忘れの可能性もあるとおもいます。職員用や来客用などの個室トイレがあれば、事情を先生に話してしばらくそこを使わせてもらうともいいかもしれません。また、マスクを付けれるようならマスクも効果的かもしれません。マスクの重ね付けしたり、中にガーゼが入っている分厚いもの、活性炭入りのマスクを使用したり、触覚過敏や嗅覚過敏の方が着用している「プロテクションマスク」というものもあるそうなのでそういったものだと尚効果あると思います。
成長とともに落ち着いては来ると思いますが、トイレを我慢すると膀胱炎なども心配ですよね。
病院の先生や専門の方に相談してアドバイスをもらってみるのもいいかもしれませんね！いい方向に進むことを願っています。

なんなんさん、毎日お疲れ様です。
私は生徒さんと関わる仕事をしているのですが、嗅覚が敏感なお子さまは初めてですので参考になるかわかりませんが、コメントしました。(聴覚過敏や潔癖の方は経験あります。)

小さい頃にうけた衝撃は、大人になってからも払拭されにくいようです…。私も過去に弟にしたことを反省しています…。

苦手な臭いのことですが、以下のような支援を考えました。
①保育園の先生に相談
お子さま自身の発達のこと、嗅覚が敏感であること、トイレに行きにくいこと、家での様子、流し忘れ事件のことなどお話されましたでしょうか。なんなんさんが困っていることを率直に伝え、合理的配慮としてきれいなトイレを使わせてほしいことも伝えて良いかもしれません。(使わせてもらえるかはわかりませんが…)
②嗅覚過敏専用グッズを手に入れる
マスクがあるそうですよ。また、他の方法として、マスクにアロマで臭い付けしたり、ハンカチにアロマの臭いをつけるなどしている方もいるようです。お子さまの好きな匂い探しをする必要もあるかもしれません。
③トイレの約束を決める
どこのトイレもきれいなわけではないことを伝え、お子さまが使えるトイレをチェックしておくといいかもしれません。(コンビニ、スーパーなど)そのようないいトイレがわかれば、家で真似てみることも可能になると思います。ですが、必ずしも流し忘れがないとは言えないので…そのあたりは説明しておいた方が良いと思います。

少しでも参考になれば幸いです。