うちの娘も5歳すぎまでしていて似た状況だったので、お気持ちすごくわかります。
噛み癖というか、なんでも口に入れがちな性格です。（ペンをかんだり自分の髪の毛の先を舐めたり。）

いきなりすべてやめさせるのはメンタルに影響ありそうで心配ですよね。
我が子の場合観察してみたら、
①眠い時：意図的にしゃぶる（安心する）
②テレビを見てる時：無意識にしゃぶる（ただの癖）
だったので、②からやめさせることにしました。

まず娘に「指しゃぶりは歯が汚くなるからやめるようにしていこう」と説明しました。（ネット上の歯並びが悪い画像等を見せて「こうなっちゃうよ」と言ったら少しショック受けてました…。）
それで「眠い時だけはしていいよ。他の時はやめようね」と約束し、テレビや本を見てる時に「あれー、指しゃぶってるよ？」としぶとく指摘し続けると次第に回数が減っていきました。

②がやめられてから、①は寝る時に必須のお気に入りタオルがあったので指の代わりにそのタオルの端をかませるようにしました。抵抗なくタオル噛みに移行し、指は卒業できました。
そのタオルは外には持ち出し禁止にしていたので、保育園でのお昼寝時はタオルがないから仕方なく何もしゃぶらずに寝る…といった感じで、本当に少しずつですが何も口に入れなくても眠ることに慣れていきました。

娘さんにとって精神安定剤みたいなところがあると思うので、焦らずじっくり寄り添ってあげてみてください！