夫がほぼ家にいないので似たような状態になったことがあります
夫は自室にこもりきりで私がパートに出かけたときにご飯を食べに来たりしていたみたいです（ほぼ夜勤状態で子供は保育園に行っていたので私がほぼ見ていた）
今現在はそういう状態ではありませんが借金問題が発覚し最近まじめに考えたこともあります
でも実質キッチン冷蔵庫の中身とか共用部がたぶん面倒になるんだと思います
家賃を折半するにも子供をだれがどれくらい見るのかというところでやっぱりまた分配は難しいと思いますし（主婦ならなおさら）
あと旦那さんのご飯をお子さんが手を付けたりしたときやっぱり面倒かも、子供の食費や養育費について（保育園とか始まると保育園の料金とか服とか）そういったことの相談をきちんとできるんであればそもそも家庭内別居する必要ないと思いますしね
何度も離婚も考えたけどストレスもプレッシャーも強いですよね
子供に当たりそうになったりもしたし、たぶん態度で当たっちゃってた気がするし
回答にならなくて申し訳ないですがどういった状態を家庭内別居ととらえるのか（ただ合わないように時間をずらすだけなのか本当に離婚したが一緒の家にいるレベルの感覚で完全に生活費の折版などもするのか）にもよると思いました